一般生菌数とは中温性好気生菌数のことで、「食品、添加物等の基準」に規定されている生菌数はこの菌数をさします。測定された菌数は、食品の細菌汚染状況を示す指標となり、食品の安全性、保存性、衛生的取扱いの良否など総合評価するために用いられます。

グラム陰性の無芽胞桿菌で乳糖を分解して酸とガスを産生する好気性または通性嫌気性の一群を大腸菌群といいます。糞便性と関係がない菌種も含まれますが、加熱調理済食品や加工食品等の食品衛生管理上、汚染の指標菌の一つとして用いられます。

大腸菌群の中には糞便と直接関係のない菌種も含まれていることから、44.5℃で発育し乳糖を分解しガスを産生する菌群を糞便系大腸菌群とよびます。糞便系大腸菌群に含まれる大部分が大腸菌であることから、EC培地を用い大腸菌として検査を行います。おもに非加熱調理食品の評価をするために用いられます。

家畜等の腸内に保菌されている場合が多く、食肉、肉加工品、卵製品、淡水魚での食中毒の主な原因菌としてあげられます。上記の製品や二次加工品の安全性を確認するために用いられます。

海水に常在する菌で好塩性細菌であり、生鮮魚介類や海産物が汚染を受け検出されることがあります。食中毒菌であることから上記の食品の安全性を確認するために用いられます。

人の手指、鼻前庭などの常在菌で自然界に広く分布し、食品に付着した黄色ブドウ球菌が増殖し産生されるエンテロトキシン（毒素）により食中毒をおこします。特に手指に化膿疾患がある人から食品へ汚染する恐れがあります。食品の種類には関係なく、全ての食品を対象に安全性を確認するために用いられます。

土壌内部や生物の腸内などの酸素濃度が低い環境に生息する偏性嫌気性菌であり、本菌群には、ボツリヌス菌やウェルッシュ菌など食中毒菌が含まれています。酸素濃度の低い嫌気状態の真空包装や、ガス置換包装または脱酸素剤を入れた包装など、梱包された食品についての安全性を確認するために用いられます。

繁殖し集落をつくっている状態では、一般家庭においても日常よく見かける微生物です。また、カビの種類によっては毒素を産生するものもあります。食品の品質性を確認するために用いられます。

食品においては、パン、ビール、清酒、ワインと発酵食品の製造に不可欠な微生物ですが、カビや細菌との作用により腐敗、汚染、劣化の原因になります。食品の品質性を確認するために用いられます。